可能有以下两个原因：

1、忽视供应商性质管理

如果公司的供应商都是小规模纳税人，因为有免税政策，很多小规模纳税人会选择开具普票，而公司如果对其开票种类又没有强制性要求的话，就会造成缺少进项票的情况。

解决方法：建议在与小规模纳税人签订合同时就约定好开具发票的种类，在交易中尽可能多的获取专用发票。

2、公司业务流程管理不健全

由于进项票来源比较广泛，如果企业的业务流程不规范或是有欠缺，那就很难找到是哪个环节导致的缺进项票。

解决方法：建立合理的业务流程管理制度，可以把获取发票的责任落实到个人。